Эндемики
Нерпа
Пресноводный вид тюленя, встречающийся именно на Байкале.
Живут нерпы примерно до 55 лет, достигая длины до 1,8 метра, а веса до 130 кг. Детенышей выкармливают и выращивают на берегу. До 2-3 месяцев мех у нерп белый, что обеспечивает им большую безопасность на снегу, пока они кормятся молоком матери. При переходе на самостоятельное питание нерпеныш линяет и его мех приобретает вначале серебристо-серый цвет а при достижении взрослого возраста уже буро-коричневый.

Баргузинский соболь
весьма необычный хищник семейства куньих, обладающий уникальной темной окраской меха. Из-за нее является одним из основных объектов пушного промысла Сибири (даже изображен на гербах многих сибирских городов). В начале XX века находился на грани исчезновения. Необходимость в охране соболя послужила причиной создания Баргузинского заповедника.

Ольхонская полевка
В национальном парке Прибайкалья в степных районах и ряде островов обитает еще один эндемик этих территорий– ольхонская полевка. Этот грызун селится в каменистых местах и скальных выходах. Полевка в Красной книге Иркутской области указана как один из видов с резко сокращающейся численностью. Виной тому развитие туризма на территории парка. На сегодняшний день применяются активные меры по увеличению численности Ольхонской полевки.

Омуль
Байкальский омуль — рыба рода сигов семейства лососёвых.
В Байкале живут четыре популяции омуля: селенгинская, чивыркуйская, северобайкальская и посольская. Средние размер и вес у каждой популяции разные. Например, самый крупный из встреченных экземпляров селенгинской популяции имел вес до 5 кг и длину около 50 см.
Зимой омуль кормится на глубине 400-800 м, а весной подходит к берегам, где много планктона и икры Широколобок.

Голомянка
одна из самых многочисленных рыб на Байкале. Кстати, именно голомянка является основным кормом для нерп.
Это небольшие полупрозрачные живородящие рыбы.
Любопытно, что их тело на 44% состоит из жира. Самые крупные представители семейства достигают 20-25 см.

Глубинная широколобка
Байкальские широколобки из семейства Cottocomephorida встречаются на глубине ниже 170 м и могут жить на глубине до 1500 м. Мягкое тело рыбки похоже на студень.
Это семейство включает 24 вида.
Крупнейший вид семейства широколобок Procottus jeittelesii достигает 28 см в длину, а самый мелкий представитель — Procottus gurwici, около 6 см.

Эпишура
Рачок Эпишура, питающийся бактериями и планктонными водорослями, составляет до 90% массы зоопланктона Байкала. Является любимым блюдом байкальского омуля.
Этот байкальский эндемик живет в открытых водах Байкала, предпочитая холодные районы, и неустойчив к перепадам температур. Размер тела взрослого рачка составляет всего 1,5 мм. При этом эти рачки в год фильтруют от 500 до 1000 кубических км и более воды, что в 10-15 раз превышает объем годового притока из всех рек, впадающих в Байкал (!).

Турбеллярии
Окраска турбеллярий зависит от вида пищи и поверхности, на которой они находятся и бывает – пестрой, коричневой, красной, оранжевой, желтой, белой, бесцветной. Глубоководные турбеллярии не имеют окраски и утратили органы зрения.
Большая часть из них живет в прибрежной зоне озера на глубинах до 20-30 м, но некоторые виды обнаружены на глубинах более 1000 м. Размеры турбеллярий от нескольких мм до 20-30см. Потребляя ослабленные и больные организмы, турбеллярии являются чистильщиками дна Байкала.

Байкальская губка
На дне Байкала живут уникальные организмы — байкальские губки эндемичного семейства Lubomirskiidae. Губки – колонии примитивных многоклеточных животных, ведут прикрепленный образ жизни. В Байкале они обитают на каменистых грунтах. Они не имеют нервной ткани, ясно дифференцированных органов, ротового отверстия. Зеленый цвет им придают одноклеточные водоросли, которые поселяются в колонии. Губки могут обитать на очень больших глубинах – глубже 1000 м. Длина ветвей губок может достигать 1 м.

Ходульное дерево
На берегах Байкала существует необычное природное явление – ходульные (или по-другому шагающие) деревья. Так называют лиственницы и сосны, растущие на песчаных почвах. Ветра выдувают песок из-под корней деревьев, тем самым оголяя их. Торчащие над поверхностью земли корни создают видимость движения деревьев. Это обстоятельство и легло в основу названия.

Ольхонский астрагал
Это травянистый многолетник, чья область распространения ограничена западным берегом острова Ольхон. Ольхонский астрагал любит песчаные почвы, растет преимущественно в дюнах. Последние очень подвижны, и это сказывается на популяции данного растения. Астрагал находится под угрозой полного исчезновения, в связи с чем был помещен в список Красной книги РФ.

Зундукский копеечник
Копеечник представляет собой приземистое растение с ярко-розовыми цветками. Он сохранился со времен миоценового периода и растет на побережье Малого моря, включенного в состав Прибайкальского национального парка. В Красную книгу России включен в качестве флоры, которой грозит полное исчезновение в основном из-за ограниченной территории произрастания.